L’Autorità di Certificazione (AdC) è responsabile della corretta certificazione delle spese erogate per l’attuazione ed è chiamata a svolgere i compiti previsti dall’art. 126 del Reg. (UE) n.1303/2013. Il dettaglio delle funzioni svolte dall'AdC sono descritte all'interno del Sistema di Gestione e Controllo (SI.GE.CO).
L’Autorità di Certificazione è posta in capo al dirigente pro tempore della Divisione 6 “Autorità di pagamento ai sensi dei Regolamenti comunitari” e, ad interim, tali attività sono svolte dal dirigente pro tempore della Divisione 5 “Coordinamento dell'assetto del territorio. Programmi e progetti europei di sviluppo spaziale ed urbano” del Dipartimento per la programmazione strategica, i sistemi infrastrutturali, di trasporto a rete, informativi e statistici - Direzione Generale per lo sviluppo del territorio, la pianificazione e i progetti internazionali, come da Decreto del Direttore generale della Direzione Generale per lo sviluppo del territorio, la pianificazione e i progetti internazionali