Nella programmazione finanziaria 2014-2020, la dotazione complessiva iniziale del PON Infrastrutture e Reti è pari a 1.843.733.334 euro. La quota di finanziamento del fondo FESR è pari a 1.382.800.000 euro, mentre 460.933.334 euro è la quota di contributo del Fondo di Rotazione nazionale. Con la riprogrammazione - avvenuta nell'agosto 2021 per la necessità di mobilitare rapidamente le risorse REACT-EU per il superamento degli effetti della crisi nel contesto della pandemia di COVID-19 e delle sue conseguenze sociali e preparare una ripresa verde, digitale e resiliente dell'economia entro l'attuale periodo di programmazione - la dotazione del PON Infrastrutture e Reti è stata modificata in 1.890.450.014 euro.
A seguito dell’assegnazione di risorse aggiuntive dello strumento REACT EU - al fine di supportare operazioni volte alla riduzione delle perdite nelle reti idriche del Mezzogiorno e al rafforzamento del Trasporto Pubblico Locale (TPL) - un ulteriore riprogrammazione avvenuta nel maggio 2022 ha portato la dotazione finanziaria del Programma a 2.234.450.014. La quota di finanziamento del fondo FESR è pari a 1.173.322.511 euro; la quota di contributo del Fondo di rotazione nazionale è pari a 391.107.503 euro; la quota di finanziamento del FESR – REACT-EU è pari a 666.765.000,00 euro e la contropartita nazionale è pari a 3.255.000 euro.